Celková stavebná koncepcia:
Prevádzka je umiestnená v troch navzájom stavebne a funkčne spojených pavilónoch.

1.) Nemocničný pavilón sv. Ján:
pavilón je jadro a stavebne najstarší objekt v komplexe nemocnice. Rekonštrukcia tejto historickej barokovej budovy bola v podstatnej časti predmetom druhej etapy (začiatok 7/2002, dokončenie 6/2003). Pavilón je pomenovaný po sv. Jánovi z Boha, zakladateľovi Rehole Milosrdných bratov.

2.) Nemocničný pavilón Fabián:
pavilón je umiestnený na rohu Treskoňovej a Kolárskej, na mieste asanovaných budov a pôvodného dvora. Pavilón je pomenovaný po provinciálovi Fr. Fabiánovi Máčejovi, O.H., ktorý obnovil činnosť Rehole na Slovensku po roku 1989, otvoril prvú neštátnu nemocnicu na Slovensku a pripravil koncepciu jej generálnej rekonštrukcie.

3.) Nemocničný pavilón Pavol:
pavilón je umiestnený pozdĺž Kolárskej ulice, čiastočne na mieste pôvodného dvora. Pavilón je pomenovaný podľa priora Fr. Pavla Piglera, O.H., ktorý pred 330 rokmi otvoril prvú Nemocnicu Milosrdných bratov v Bratislave.

Základná orientácia o umiestnení najdôležitejších prevádzok:

Nemocničný pavilón sv. Ján:

2. podzemné podlažie:

 kotolňa, technika. 

1. podzemné podlažie:

 kuchyňa, sklady, technika. 

1. nadzemné podlažie:

 vstupná hala, bufet, administratíva, refektár (slávnostná sála), jedáleň, kaplnka, záhrada. 

2. nadzemné podlažie:

 lôžkové onkologické oddelenie. 

3. nadzemné podlažie:

 konvent Milosrdných bratov (pracovne, kaplnka a ubytovanie rehoľníkov).

Nemocničný pavilón Fabián:

1. nadzemné podlažie: rádiodiagnostika, rehabilitácia, pohotovostné ambulancie, internistická ambulancia, chirurgické ambulancie, ambulantná operačka. 
2. nadzemné podlažie: odborné ambulancie, funkčná diagnostika. 
3. nadzemné podlažie: operačné sály, intenzívna starostlivosť (OAIM), denná chirurgická klinika, ambulantná onkológia vrátane dennej chemoterapie. 
4. nadzemné podlažie: lôžkové chirurgické oddelenie.

Nemocničný pavilón Pavol:

1. podzemné podlažie: garáže, technika. 
1. nadzemné podlažie: garáže, technika. 
2. nadzemné podlažie: laboratórium, odborné ambulancie, administratíva. 
3. nadzemné podlažie: lôžkové interné oddelenie. 
4. nadzemné podlažie: záhrada.