Die ersten Ordensmitglieder des Brüderkonvents Bratislava begannen ihr heilbringendes Wirken 1672, unmittelbar nach der Errichtung des ursprünglichen Krankenhausgebäudes, das eine Apotheke und eine Kapelle miteinschloss. Davon zeugen die ersten Krankengeschichten, die in diesem Jahr aufgezeichnet worden sind. Die Arbeit der Barmherzigen Brüder wurde vom Hochadel und vom Bürgertum großzügig unterstützt. In entsprechenden Unterstützungskomitees saßen auch Fürsten und Bischöfe. So konnten der Konvent und das Krankenhaus nach und nach ausgebaut werden.
Die Barmherzigen Brüder entfalteten eine umfassende Hilfstätigkeit, die nicht nur den Kranken, sondern auch anderen bedürftigen Personen zugute kam. 1694 ließen sie das erste öffentliche Krankenhaus für Männer errichten. Es umfasste 60 Betten. Die Apotheke, die ursprünglich nur dem angeschlossenen Krankenhaus diente, bietet seit 1738 ihre Dienste auch der Allgemeinheit an. Unter den Ordensbrüdern gab es viele ausgezeichnete Apotheker.
Während des Zweiten Weltkriegs erlitt das Krankenhaus schwere Schäden. Als der Krieg vorbei war, machte sich der Orden umgehend an den Wiederaufbau. Die Machtübernahme des totalitären kommunistischen Regimes bedeutete allerdings einen herben Rückschlag: Das Krankenhaus wurde verstaatlicht und die Barmherzigen Brüder gezwungen wegzuziehen.
Erst nach dem Zusammenbruch des Kommunismus konnte der Orden seine Rechtsansprüche wieder geltend machen. Am 1. Januar 1995 bekamen die Barmherzigen Brüder ihr Krankenhaus zurück und warem damit der erste nichtstaatliche Krankenhausbetreiber des Landes. Als Prior fungierte damals Frater Fabián Mačej.
2002 erfolgten umfangreiche Renovierungsarbeiten. Sie konnten 2004 abgeschlossen werden. Als feierlicher Schlusspunkt wurde der Neubau und auch die renovierten alten Räumlichkeiten, die unter Denkmalschutz stehen, eingeweiht. 2016 wurde schließlich der weitere Ausbau des Krankenhauses erfolgreich abgeschlossen.
Heute ist unser Krankenhaus, wie aus einem offiziellen Bericht der Versicherungsanstalten hervorgeht, ein vielbesuchtes Universitätskrankenhaus.
